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王坤副研究员在植物小开放阅读框编码肽鉴定方面取得新进展
时间:2020-04-29 16:10:40 阅读量:

  近日,朱玉贤院士团队在《Plant Biotechnology Journal》(Impact factor: 6.840, 一区)发表了题为“PsORF:A database of small ORFs in plants“的论文,该研究在植物小开放阅读框(small ORF,sORF)的数据库建设上取得了重要进展,他们所建立的数据库为35个植物物种提供了完整的sORF数据集信息。该研究工作的通讯作者是王坤副研究员,第一作者是2017级硕士生陈燕君同学。
  当前,动植物分子生物学研究逐渐进入深度化与精细化阶段,科学家们认识到基因组中存在大量的sORF(编码小于或等于100个氨基酸的短肽)可能通过编码功能短肽或调控mRNA翻译而参与生物个体的正常生长发育等重要过程。随着近年来植物研究中翻译组(如Ribo-seq等)和蛋白质组(质谱)等测序数据的积累,为我们通过高通量的预测方法对全基因组范围可能具有翻译能力的sORF进行鉴定提供了契机。在该项研究中,研究团队通过整合公共数据库中的基因组和转录组RNA-seq,特别是翻译组Ribo-seq和蛋白质组质谱数据对包括莱茵衣藻,拟南芥,棉花(亚洲棉),水稻和玉米在内的35个植物物种做了sORF的预测注释。并根据上述结果,构建了一个可通过Web访问的数据库PsORF(http://psorf.whu.edu.cn/)。
  PsORF数据库通过多种可视化组件为用户提供了方便的浏览,查询和下载服务,并与UniProt和Pubmed等已知功能数据库建立了有效关联。通过该网站,用户可以方便的查询候选sORF的翻译证据,如Ribo-seq的测序reads和MS指纹图谱,以及可能的跨物种保守性分析,如多物种sORF的蛋白质序列比对和系统发生树。这一工作为植物sORF的后续研究提供了便捷的查询和分析平台。
  该工作得到了国家转基因专项、国家自然科学基金、中央大学基础研究基金和qy186 vip千嬴国际官网创新团队等项目的资助。在数据库的构建过程中,qy186 vip千嬴国际官网生科院周宇老师和杜巍老师也给予了技术和材料方面的大力支持。


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